Com que és una de les sis seccions d'MSF que gestiona operacions als països on treballem, MSF Espanya és el que anomenem un centre operacional, en què s'integren MSF Grècia, MSF LAT i MSF Àfrica Oriental, amb oficines a Portugal, Jordània, Senegal i Kenya.
La seu d'MSF Espanya és a Barcelona. A més, comptem amb quatre Oficines Delegades a Espanya, que contribueixen en la nostra missió social mitjançant tasques de representació, comunicació, incidència ciutadana i captació de fons: estan ubicades a Bilbao, Madrid, Sevilla i València.
A Barcelona hi ha els departaments d'Operacions, Mèdic, Logístic, Finances, Recursos Humans, Comunicació i Captació de Fons. Les persones que porten aquests departaments, juntament amb la directora general actual, conformen l’equip de direcció.
El Departament d'Operacions és el nostre centre neuràlgic, ja que dirigeix les activitats dels projectes. Es divideix en cinc Cèl·lules (a Barcelona, Nairobi, a Kenya, Amman, Dakar i Bogotà) i una Unitat d'Emergències (a Barcelona). Cadascun d'aquests equips s'encarrega de gestionar les missions d'un grup determinat de països. Les Cèl·lules i la Unitat d'Emergències estan formades per especialistes de perfils sanitari, logístic, financer, de recursos humans i, en alguns casos, també d'assumptes humanitaris i de comunicació.
Operacions compta amb el suport de sis departaments més:
- Mèdic: reuneix personal expert en diferents àrees mèdiques, paramèdiques i de gestió de serveis sanitaris.
- Logístic: gestiona el funcionament estructural dels nostres projectes (transport, aprovisionament, construcció, aigua i sanejament, etc.).
- Recursos Humans: recluta i desenvolupa les persones que treballem a MSF.
- Finances: consolida els nostres ingressos i despeses, i s'assegura del compliment del pressupost.
- Comunicació: articula la nostra veu externa i canalitza la nostra informació cap a l'opinió pública.
- Captació de Fons: desenvolupa la base de socis i donants per tal de garantir la independència econòmica.
A més, dos equips especialitzats s'encarreguen dels sistemes d'informació, seguretat de dades i telecomunicacions (Organització i Sistemes) i de l'anàlisi i la reflexió sobre els contextos en què treballem (Assumptes Humanitaris).