Cada sección de MSF cuenta con dos estructuras: la asociativa y la ejecutiva.
El Asociativo vela por la identidad, la ética y los principios de MSF. Lo componen, en igualdad de condiciones, personas que trabajan o han trabajado en los proyectos o en las oficinas. Las personas asociadas se reúnen una vez al año, en la Asamblea General, que elige la presidencia de esa sección y a su junta de gobierno. En el caso de España, la presidenta actual es Paula Gil.
Esta es la composición completa de la Junta Directiva de MSF España (junio de 2026):
- Paula Gil, presidenta
- Nines Lima, vicepresidenta
- Elena Martínez, secretaria
- Isabel López, tesorera
- Philippe Latour, vocal
- Helena Valencia, vocal
- João Martins, vocal
- Marta González, vocal
- Elena Grandío, vocal
El Ejecutivo gestiona el día a día del trabajo de MSF: además de la Dirección General, lo componen los departamentos de Operaciones, Médico, Logístico, Finanzas, Recursos Humanos, Comunicación y Captación de Fondos. Es una estructura jerárquica.
Este es el Equipo directivo de MSF España (junio de 2026):
- Raquel Ayora, directora general
- Mari Carmen Viñoles, directora de operaciones
- Andualem Woldemedhin, director de recursos humanos
- Andi Muamba, director de finanzas
- Mulla John Mulla, director de logística
- Louisa Baxter, directora médica
- Najwa Mekki, directora de comunicación
- Laura Calonge, directora de captación de fondos
En la actualidad, el movimiento internacional de MSF está compuesto por 28 asociaciones en todo el mundo. Cada una de ellas es una entidad registrada en el país (en algunos casos región) donde opera. Las asociaciones eligen su propia junta directiva y presidente durante su Asamblea General.
Todas ellas conforman el Asociativo internacional, cuyo máximo órgano de decisión es la Asamblea General Internacional (AGI). La AGI está formada por representantes asociativos de todo el mundo: vela por nuestra misión social y tiene la última palabra en cuestiones clave de gobernabilidad. También elige a la persona que ejerce la presidencia internacional de MSF, cargo en la actualidad ocupado por Javid Abdelmoneim.