Cada sección de MSF conta con dúas estruturas: a asociativa e a executiva.
El A asociativa vela pola identidade, a ética e os principios de MSF. Compóñena, en igualdade de condicións, persoas que traballan ou traballaron nos proxectos ou nas sedes. As persoas asociadas reúnense unha vez ó ano, na Asemblea Xeral, que elixe a presidencia desa sección e á súa xunta de goberno. No caso de España, a actual presidenta é Paula Gil.
Esta é a composición completa da Xunta Directiva de MSF España (xuño de 2024):
- Paula Gil, presidenta
- Nines Lima, vicepresidenta
- Rafa Sotoca, secretario
- Elena Martínez, tesoureira
- Helena Valencia, vogal
- Ana Álvarez, vogal
- Laura Thomsen, vogal
- João Godinho, vogal
- Marta González, vogal
O Executivo xestiona o día a día do traballo de MSF: ademais da Dirección Xeral, compóñeno os departamentos de Operacións, Médico, Loxístico, Finanzas, Recursos Humanos, Comunicación e Captación de Fondos. É unha estrutura xerárquica.
Este é o Equipo directivo de MSF España (outubro de 2024):
- Raquel Ayora, directora xeral
- Teresa Sancristóval, directora de operacións
- Guillem Perez, director de recursos humanos
- Andi Muamba, director de finanzas
- Mulla John Mulla, director de loxística
- Cristian Casademont, director médico
- François Dumont, director de comunicación
- Laura Calonge, directora de captación de fondos
Na actualidade, o movemento internacional de MSF está composto por 27 asociacións en todo o mundo. Cada unha delas é unha entidade rexistrada no país (nalgúns casos rexión) onde opera. As asociacións elixen a súa propia xunta directiva e presidencia durante a súa Asemblea Xeral.
Todas elas conforman o Asociativo internacional, cuxo máximo órgano de decisión é a Asemblea Xeral Internacional (AXI). A AXI está formada por representantes asociativos de todo o mundo: vela pola nosa misión social e ten a última palabra en cuestións clave de gobernabilidade. Tamén elixe á persoa que exerce a presidencia internacional de MSF, cargo ocupado na actualidade por Christos Christou.